İnsan beyni üretildi!

ABD'li Bilim İnsanları, Laboratuvarda küçük bir insan beyni üretmeyi başardı

Üretilen beyin, insan beyninin neredeyse tam bir küçük sürümü. Bu çalışmayla nörolojik hastalıkların tedavisine yardımcı olunabileceği belirtiliyor.

Bir bezelye büyüklüğünde olan beyinde çok sayıda hücre türü, beynin tüm ana bölümleri ve bir omurilik bulunuyor; ancak beyinin damarsız olduğu belirlenmiş.

Beyin insan deri hücrelerinden üretildi ve şu ana dek üretilenler arasında gerçeğine en benzeri olarak nitelendiriliyor. Anand çalışma sonuçlarını Florida’da sağlıkla ilgili bir askeri etkinlikte açıkladı.

Üniversiteden yapılan açıklamada Anand’ın, üretilen beynin ilaçların zihin üzerindeki etkilerinin test edilmesini daha kolay ve daha etik hale getireceğini düşündüğü bildirildi.

Çalışmanın sinir sistemi hastalıklarına çare bulunmasına da yardımcı olması bekleniyor. OhioState Üniversitesi’nden Rene Anand, laboratuvar ortamında beş haftalık bir fetüsün beyniyle eşit olgunlukta bir beyin üretmeyi başardı.

Deutsche Welle Türkiye’nin haberine göre Rene Anand: “Bu sadece gelişen bir beyin gibi görünmekle kalmıyor aynı zamanda farklı hücre türleri, bir beyin gibi tüm genleri gösteriyor” dedi.

http://labmarket.sinanson.com/

Sadece İnsanlarda Bulunan Beyin Bölgesi

Yüzyıllardır bilim insanlarının merak ettikleri soruların başında insanları diğer canlılardan ayıran nedir sorusu gelir. Geçtiğimiz sene Leuven ve Harvard Tıp Fakülteleri’nde çalışan araştırmacıların yürüttüğü ortak bir projede sadece insan beyin korteksinde bulunan iki nöron ağı bulunmuştu. Şimdi ise Oxford Üniversitesi bilim insanları en yakın akrabalarımızda bile bulunmayan bir beyin bölgesi keşfettiklerini duyurdular.

Bulunan beyin bölgesinin karar verme süreçleri ve üst düzey planlama işleriyle ilgili olduğu biliniyor. Oxford Üniversitesi Deneysel Psikoloji Bölümü’nden Prof. Matthew Rushworth sadece insan beynine özgü bir bölge tanımladıklarını ve bu bölgenin bilişsel yeteneklerle ilgili olduğunu ifade ediyor.

25 kişinin katıldığı araştırmada, katılımcıların beyinlerinde bilişsel yeteneklerle ilgili olduğu bilinen ventrolateral frontal korteksteki kritik bölgeler manyetik rezonans görüntüleme (MRI) tekniğiyle tespit edildi. Çalışmada ayrıca bu bölgelerin beynin diğer kısımlarıyla ilişkisi de araştırıldı. Son olarak insan beyinlerinin MRI taramaları 25 makak maymununun beyin taramalarıyla karşılaştırıldı.

Ventrolateral frontal korteks sadece insanlarda ve diğer primatlarda bulunuyor ve en gelişmiş dil ve bilişsel işlevlerden sorumlu. Bu bölgede bazı kısımların zarar görmesi çeşitli psikiyatrik hastalıklara sebebiyet verebiliyor. Beynin bu bölgesinin iyi anlaşılması başta psikiyatrik rahatsızlıkların tedavisinde olmak üzere daha birçok alanda beyinde gerçekleşen değişiklikleri daha iyi çözümlememize anlamamıza yardım edecektir.

Rushworth beyni birbirine bağlanmış nöral gruplardan oluşan bir mozaik olarak tanımlıyor. Ekip araştırmalarında beynin nerdeyse yarısını kaplayan frontal bölge üzerinde yoğunlaşıp, buradaki nöron sayısı ve nöronların konumlarını belirlemeye çalıştılar. Rushworth her bir nöral grubun bağlantılarına baktıklarını ve bu nöronların beynin diğer bölgeleriyle olan iletişimlerini incelediklerini söylüyor. Bu bağlantılar beynin bir bütün halinde çalışmasını ve görevini mükemmel bir şekilde yerine getirmesini sağlamakla beraber nöral gruplar için bir nevi parmak izi niteliği taşıyor. Yani bir grubu diğer gruptan ayıran şey beynin geri kalanıyla yaptıkları bu bağlantılar. 

Ekip insan ventrolateral frontal korteksinin MRI görüntülerini aldıktan sonra bu bölgeyi 12 alana ayırdı. 12 alanın her biri beynin bir bölgesiyle kendine özgü bir şekilde bağlantı kuruyor. Araştırmacılar maymun beyinlerinde bu alanlara karşılık gelen yerlere baktılar ve 12 alandan 11’inin beynin diğer kısımlarıyla insandakine benzer bağlantılara sahip olduğunu gördüler. Geriye kalan tek bölge olan lateral frontal pole prefrontal korteks maymun beyninde bulunmuyordu, sadece insana özgüydü.

Makalenin başyazarı olan Franz-Xaver Neubert araştırmayla ilgili şu sözleri söylüyor “İnsan frontal korteksinde en yakın akrabalarımız olan maymunlarda bile karşılığı olmayan bir bölge keşfettik. Bu bölge aynı zamanda stratejik planlama, aynı anda birden fazla iş yapabilme ve karar verme süreçleriyle yakından ilişkili.

Araştırma ekibi ayrıca insanda beynin işitsel kısımlarının prefrontal korteks ile çok iyi bağlantılı olduğunu ancak makak maymunlarında bu bağlantının çok daha zayıf olduğunu keşfetti. Araştırmacıların yeni hipotezi bu bağlantıların bizim konuşma ve konuşmaları anlama yeteneklerimiz için çok önemli olduğunu söylüyor.

http://labmarket.sinanson.com/

Tekilliğe Adım Adım: Google ''Kişiliğe Sahip Robot'' Teknolojisini Patentledi!

Google, 31 Mart 2015 tarihinde "robotlarda kişilik geliştirmeye yönelik metotlar ve sistemler" başlıklı bir patent başvurusunda bulundu ve başvurusu kabul edildi. Bu durum, robotların bizlerden elde ettiği verilere bağlı olarak gelecekte ne şekilde davranacaklarına bir pencere aralamış oluyor. Umuyoruz ki birleşerek üzerimize yürümeyecek ve şehirlerimizi işgal etmeyecekler...

Şirketin patenti, robotlara "internet üzerinden indirilebilecek ve onlara mutluluk, korku, şaşırma, kafa karışıklığı, düşüncelilik, alaycılık gibi duygu ve davranış durumlarını sağlayacak ve bunlar arasında geçiş yapmayı sağlayacak" bir sürecin detaylarını içeriyor.

Google'ın geleceğe dair vizyonu, her bir insana ait kişisel bir robot yerine, robotlar arasında aktarılabilecek kişilik özelliklerini öngörüyor.  Patentte şöyle belirtiliyor:

"Kişilik ve duygu hali diğer robotlarla paylaşılabilir; böylece bir veya birden fazla cihazdaki robotlar klonlanarak kopyalanabilir. Bu sayede, kişi bir başka şehre seyehat etse bile, evindeki robotunun kişilik ve duygusal özelliklerini bulunduğu şehirdeki robota (bir diğer "deriye") indirebilir. Böylece robotun kişiliği taşınabilir ve aktarılabilir olur."

Bu patent, Will Smith'in başrol oynadığı bilimkurgu filmi Ben, Robot'un açılış sahnesinden pek de farklı gözükmüyor. Filmde bir robotun "kötücül veri genleri", bulut bilişim sistemleri aracılığıyla diğer robot "türdaşlarına" aktarılıyordu.

Kulağa her ne kadar abartılı gelse de, yapay zekanın insanın zeka kapasitesini geçtiği ve durdurulamaz bir şekilde zekasının arttığı "teknolojik tekillik" fikri Stephen Hawking, Bill Gates ve Elon Musk tarafından endişelerin dile getirildiği bir olgu. 

Ancak Google muhtemelen bu teknolojiyi gelecek için garanti altına alıyor ve muhtemelen bu patentin kullanılacağı bir ürünü yakın gelecekte piyasaya sürmeyecek. İnsanlık olarak henüz ikna edici bir başarıyla merdivenlerden yukarı tırmanabilen bir robot bile yapabilmiş değiliz; dolayısıyla robotlardan oluşan bir ordunun şehirlerimizi işgal etmesine daha epey bir yol var gibi gözüküyor.

http://labmarket.sinanson.com/

HARİKA DÜZEN VE MORFOGENEZ

Çevremizde, (micro yada macro düzeyde olsun) gözle görebildiğimiz ve göremediğimiz tüm canlı varlıklar mutlaka bir şekle sahiptir.

Zebrayı su aygırından, okapiyi zürafadan, atı köpekten farklı kılan en dikkat çekici özelliği şeklidir. Aslında tüm bu görsel farklılıklar genetik olarak o canlının genlerinde kodlandığı bilinen bir gerçektir. Peki nasıl oluyorda, dış görünüşünden, en ufak detaylarına hatta “biyolojik harika” diyebileceğimiz (o canlıya has) özelliklerine kadar bir bütün olarak yeni döllenmiş tek bir hürce bu canlıyı kusursuz bir şekilde inşaa edebilmektedir.

Dış görünüşünden, iç organlarına kadar detay detay meydana getirilen canlıyı inşaa eden hücreler o canlının tüm fonksiyonel ihtiyaçlarını biliyormuş gibi, sanki bir mühendis edasıyla indirgenemez kompleks biyolojik alt yapılarıyla birlikte hatasız bir şekilde inşaa ederler.

Soruları bir seviye daha derine alırsak, vücudumuzdaki hücreler kendilerini fonksiyonel yapılara nasıl organize ederler? Bedenimizdeki hücreler rastgele yada başı boş olarak mı dağılmışlardır? Bilimsel araştırmalar başıboş ve kaosun değil aksine tam bir düzen ve tasarımın var olduğunu, kompleks doku ve organları oluşturacak şekilde bir planın işleme konulduğunu göstermektedir.

Canlıları oluşturan hücrelerden kimi bir amaç uğruna kendini imha eder, kimi bir yerden çok uzak bir yere göç eder. Tüm bu aşamalarda aslında kusursuz bir plan uygulanmaktadır.

İşte canlıların şeklini oluşturan bu süreci biyolojide tarif etmek için “Morphogenesis” kelimesi kullanılır.

Yunanca olan “morphogenesis” kelimesi, şekil, yaratılış, şekil ile yaratılış anlamlarına gelir.

Şu anda, şuursuz atomların şekilden, ölçüden, orandan yada fonksiyondan ne anlar ki diye sorduğunuzu duyar gibiyim. Dahası söz konusu şekiller, oranlar yada fonksiyonlar hiçte basit değildirler. Aksine Şekil tam olarak canlıya has, oran isematematiksel mükemmelliğe sahip altın oran hassasiyetinde, fonksiyonellik tamda ihtiyaca göre planlanmış ve canlı DNA’ sına kodlanmış.

Biraz derin düşünen insanlar, burada bir Aklın yada müdahelenin olması gerektiğini kolayca anlayabilirler. Bu müdahelenin temelinde ne canlıların kendileri, ne doktor, nede bir moleküler biyolog vardır. İşte bütün bu detayların kökenini yorumladığımızda üstün bir Aklın varlığını anlarız.

Bizleri Allah var etmiştir, yapacağımız en faydalı hareketlerden biri bizi var eden Allahı düşünmek. Ona teşekkürümüzü sunmak olacaktır. Çünkü yukarıdaki detaylar yada burada değinmediğimiz, henüz bilimin keşfedemediği üstün tasarım delilleri boşuna var edilmediler.

Konuyu toparlayacak olursak, anne rahminde yeni döllenmiş bir yumurta hücresi, anneden 23, babadan 23 kromozom geldiği için 46 kromozomdan oluşur ve bir insanı inşaa edebilmek için tüm bilgiye sahiptir. Bu hücre bölünerek çoğalır ardından bazı hücreler farklılaşır, bazıları ise yer değiştirir. Bir kısmı göz, bir kısmı kemik, kas yada karaciğer hücresine dönüşür, karaciğer için gerekli olan proteinleri üretebilecek bilgiler aslında göz hücresinde yada mide hücresinde de bulunur, ancak gerekli olan proteinleri sentezleyecek DNA bölümleri kullanıma açık olmasına karşın diğer dokulara ait proteinleri sentezlemek için gerekli bilgileri içeren DNA bölümleri “Histon” isimli özel bir protein tarafından örtülür. Şu anda bilim dünyası “histon” proteinin, üretilmeyecek proteinlerle ilgili DNA’ yı örtüp kullanıma nasıl kapattığını bilmemektedir.

İsrailli biyofizikçi Dr. Lee Spetner da buradaki mucizevi yaratılışa şöyle dikkat çekmektedir:

“Gelişim programı nasıl çalışıyor, nasıl bu kadar mükemmel? Gördüğümüz gibi gelişim ikiye bölünen tek bir hücre ile başlar. İki daha sonra dörde bölünür ve bu böyle devam eder. Bir noktadan sonra hücreler farklılaşır, daha doğrusu karakter değiştirirler. Sonunda hücrelerin bir kısmı bir tür doku ya da organa dönüşürken, diğer hücreler de başkalarına dönüşür. Bu her defasında neredeyse aynı kusursuzlukla gerçekleşir. Bu nasıl olur? “

(Lee M. Spetner, Not By Chance, Shattering The Modern Theory of Evolution, The Judaica Press Inc., 1997, s. 234)

Kaynaklar:
– http://www.bromba.com/knowhow/BiometricAnimals.htm
– http://m.harunyahya.org/tr/works/153292/Hucrelerin-Farkli-Organlara-Donusmesi-Dunyadaki-En-Buyuk-Mucizelerden-Biridir

http://labmarket.sinanson.com/

Biyolojik Çarkları Olan Tek Böcek Şaşırtıyor

Bu böcek gerçek bir yaratılış harikası. Hayvanlar, bazı özellikleri ile biyolojik mühendisliğinin en ilginç örneklerini oluşturabiliyor. Issus coleoptratus isimli, bacaklarında dişliler bulunan böcek de tuhaf özelliğiyle onlardan biri.Pek çoğumuzun adını bile bilmediği, adını bilenlerin ise çark mekanizmasını bilmediği böcek, mükemmel bir makine tasarımı gibi. Böcek, vücudunda dişliler bulunan hareket sistemine sahip. Issus coleoptratus bacaklarında birbirine kenetlenen dişlere sahip çark sistemli olduğu keşfedilen ilk böcek. benzeri bir yapıya sahip başka bir böcek var mıdır bilinmez ama I. Coleoptratus'un bacaklarındaki çark mekanizmasını oluşturan dişliler ömür boyu vücudunda kalmıyor. Sadece böcek larva döneminde iken işe yarıyor ve sonra ortadan kayboluyor.

http://labmarket.sinanson.com/

Pasteur kimdir?

1822 yılında Fransa’nın Dole adındaki küçük şehrinde doğan Pastör, özellikle “kuduz” a karşı açtığı savaşla, adını bilim tarihine hiç silinmeyecek altın harflerle yazmıştır.

Arbois ortaokulunda ve Besançon kollejinde okumuş,sonradan Yüksek Öğretmen Okulu’na girmiştir. Bu yüksekokula giriş imtihanında 15. olduğunu öğrenen Pastör, okula daha layık bir öğrenci niteliğini kazanmak için bir yıl daha beklemiş, sonraki yıl girdiği imtihanda 4.lüğü kazanmıştır. Böylesine bir davranış bile, onun ilme,öğrenime gösterdiği titiz saygının açık seçik belirtisidir.

1848 de stajyer, 1849 yılında doktor olan Pastör, insanlığın hizmetine sunduğu büyük keşiflerine aynı yıl başlamıştır. Lise profesörü,üniversite öğrenim üyesi olarak Dijon ve Starsbourg’da görev almış, bu arada ” fermantasyon – mayalanma ” konusundaki çalışmalarını da sürdürmüştür.

Pastör’ün mayalanma konusundaki buluşu, havadaki bazı mikropların insanlar için yararlı olduğu sonucunu ortaya çıkarmıştır. Şarap, sirke, bira, süt gibi maddelerin “pastörize” edilmesi,ünlü bilim adamının o dönemdeki titiz çalışmalarının sonucudur.

Pastör sadece bu alandaki çalışmalarıyla kalmamış, Fransa’nın güneyinde ipekçilik endüstrisini tehlikeye düşüren, ipek böceklerine musallat olan “karataban” hastalığını önlemiş,koyun, inek gibi hayvanları kırıp geçiren “şarbon” hastalığının mikrobunu, dolayısıyla buna karşı aşıyı da bulmuştur.

Cerrahi hastalıklarda mikropları öldürerek kangren tehlikesinin önüne geçmek yolundaki çalışmaları, gene tıp alanında saygıyla anılması gereken sayısız başarılarından biridir. Fakat Pastör’ün insanlığa en büyük hizmeti, yukarda da değinmiş olduğumuz gibi “kuduz” mikrobunu ve buna karşı aşıyı bulmasıdır. Onun bu hizmeti dolayısıyla 1886 yılında kurulan (Pastör Enstitüsü), bütün dünyanın maddi ve manevi yardımlarını görmüştür.

Hayatının 70. yılı Sorbonne Üniversitesinde yapılan büyük bir törenle kutlanan Pastör, ilerlemiş yaşına rağmen, adını taşıyan enstitüye destek olan çalışmalarını sürdürmekten geri kalmamıştır. Difteri (kuşpalazı) serumunu bulan Dr.Roux, veba mikrobunun bulucusu Dr. Yersin, kolera mikrobunu bulan Dr. Chantemesse, Pastör’ün başarılı öğrencilerinden,onun ışıklandırdığı bilim yolunda yürüyen sayısız kimselerden sadece birkaçıdır.

Pastör, Abdülhamit’in çağrısıyla İstanbul’a da gelmiş ve bir kolera salgınını önlemekte büyük hizmetleri dokunmuştur.


http://labmarket.sinanson.com/

Agarose Gel Electrophoresis

http://labmarket.sinanson.com/

How to Set Up The PCR Reaction

http://labmarket.sinanson.com/

Laboratuar Otokontrolü

Beklenmeyen bir sonuç alındığında yapılabilecek fazla bir şey yoktur. Asıl önemli olan hataların en aza indirildiğinden emin olunmasıdır. Bu ise şahit kültür ile çalışmakla sağlanır. Şahit kültürler en az ayda bir kez analiz edilen örneğe ilave edilerek beklenen pozitif ve negatif sonuçların alındığı görülmelidir. Bir diğer deyiş ile analiz laboratuvarı belirli aralıklarla otokontrol yapmalıdır. Gıda mikrobiyolojisi laboratuvarında bu amaçla özellikle istenmeyen patojenleri içeren basit bir kültür kolleksiyonu bulunmalıdır.

Kültür kolleksiyonunda bulunan şahit mikroorganizmalar sadece istenmeyen patojenleri değil analiz yapılan örnekte refakatçi olarak bulunan ve analizde kullanılan s istem/beş iy erinde görülebilen florayı da içermelidir. Örneğin her kolleksiyonda E. coli mutlaka bulunmalıdır. Ancak bunun yanında koliform grubun diğer üyeleri de (Citrobacter freundn, Klebsiella pneumoniae vb.) aynı kolleksiyonda bulunmalıdır. Laboratuvar otokontrolü sırasında bu bakteriler karışım olarak en az 10 /ml-g düzeyinde doğrudan analiz edilen gıdaya katılmalı ve sayım sonucu bu düzeyde elde edilmelidir. Aynı gıdanın şahit mikroorganizma ilave edilmemiş orijinal örneğinde de paralel çalışma yapılmalı ve sonuçlar karşılaştırılmalıdır.

Biyokimyasal (ve yapılıyor ise serolojik) testler de aynı şekilde pozitif ve negatif şahit kültürler ile kontrol edilmelidir. Beklenen sonucu verecek olan bakteri pozitif kontrol, vermeyecek olan negatif kontrol olarak tanımlanır. Örneğin indol testi yapmak için 10 mi kültür üzerine 0,5 mi Kovacs' indol çözeltisi katıldığında 3-5 saniye içinde üstte vişne çürüğü halka oluşumu pozitif sonuç olarak değerlendirilirken bu renk bir halka olmaması negatif sonuçtur. İndol testinin doğru uygulandığından emin olunması için yapılan kontrolde E. coli pozitif şahit, Enterobacter aerogenes negatif şahit olarak kullanılmalıdır.

Sadece testler değil kullanılan be siy erlerinin performansı da aynı şekilde kontrol edilmelidir. Bir besiyeri kutusu bitip yerine yenisi açıldığında eski ve yeni kutuların aynı mikroorganizma kültür(ler)i ile beraberce ekilmesi ve sonuçların kontrol edilmesi gözden kaçan ancak önemli bir ayrıntıdır.

Her analiz sırasında pozitif ve negatif şahit bakteriler kullanılarak sistemin tümüyle kontrol edilmesi gereksizdir ve bu kontrolün yukarıda da belirtildiği gibi ayda bir kez yapılması veya testler için yeni çözelti hazırlandığında yapılması yeterlidir. Bununla beraber her analizde yapılması gereken çalışma atmosferi ve besiyerinin yeterince steril olup olmadığının kontrolü gerekir. Hazırlanan her besiyerinden en az 2 adet fazla hazırlanmalıdır. Bunlardan en az biri ekim yapılmadan inkübatöre konulmalı ve böylece besiyerinin steril olup olmadığı denetlenmelidir. En az bir petri kutusu ise (özelikle toplam bakteri ile maya-küf sayımlarında) çalışma sırasında ağzı açık olarak 5 dakika tutulmalı ve bu petri kutusu "çalışma atmosferinin kontrolü için" inkübatöre konulmalıdır. Analiz edilen örnekten yapılan ekimler sırasında petri kutularının kapakları tümüyle 5 dakika süre ile açık bırakılmadığı için bu petrilerde en fazla 1-2 bakteri ve/veya küf kolonisine izin verilebilir. Drigalski spatülünün dezenfekte edildiği alkolün kontrolü için burada tutulan spatülün alevden geçirilmeden bir besiyerine aktarılması, besiyerine seyreltmede kullanılan steril (olması gereken) çözeltiden aktarılarak bunun kontrol edilmesi daha sık olarak yapılması gereken kontroller arasındadır.

Her çalışma sırasında bir besiyerinin pozitif şahit ile aşılanması özellikle Salmonella, Listeria gibi yüksek patojenite gösteren bakteriler arandığında ve/veya pazara verilecek ürün özellikle risk grubu yüksek olarak tanımlanan bebekler - hamileler - hastalar - yaşlılar için hazırlanmış ise ayrıntının ötesinde zorunlu bir uygulamadır.

http://www.sinanson.com/index.html

Tipik Laboratuvar Hataları

Gıda mikrobiyolojisi laboratuvarında gerçekte olduğundan daha az ya da ya da daha fazla sayım sonuçlan alınabilmekte, yanlış tanımlamalara bağlı olarak sahte negatif ya da sahte pozitif bulgular elde edilebilmektedir. Bu tip hatalar pazara sunulan ürünün istenilen kalitede olmamasına ve dolayısıyla işletmenin kalite politikasına olumsuz etki yaptığı gibi yasal denetlemeler sırasında da sorun yaratmaktadır.

Laboratuvarda tüp pamuklarının yanması, alkolün alev alması, pamuğun yere düşmesi, cam malzemenin kırılması ve elin kesilmesi gibi günlük aksamalar laboratuvarın iş yoğunluğu ile paralel olarak artar. İş yoğunluğunun personelin kaldıramayacağı kadar yoğun olması ve/veya laboratuvar alanının yetersizliği pek çok aksamaya neden olurken teknik bilgi eksikliği de kayda değer ölçüde sorun yaratmaktadır.

Üniversiteler, kamu araştırma kuruluşları ve kamu kontrol kuruluşlarındaki laboratuvarlarda da hata olabilmektedir. Amaç en doğru sonucu almaktadır. İlgili bölümlerde tüm analizlerin en doğru şekli verilmekle beraber bu bölümde olası laboratuvar hataları toplu halde gösterilmiştir. Burada belirtilen hataların asla küçümsenmeyecek büyük bir bölümü üniversitelerde, kamu araştırma ve kontrol kuruluşlarında, gıda sanayiinde tarafımızca görülmüş olan hatalardır.

Genel Laboratuvar Hataları

Çalışılan materyalin "mikrop" olduğunun unutulması. Basit bir analizde bir tüp veya petride trilyonlarla ifade edilecek sayıda mikroorganizma geliştiğinin bilinmemesi ya da dikkate alınmaması.

Laboratuvarın aynı zamanda mikrobiyolojik gıda kontrolü ve starter üretimi görevini üstlenmesi.

Planlama ve inşaat aşamasında laboratuvar yönü ve/veya camların konumu nedeni ile özellikle sıcak yaz aylarında laboratuvar sıcaklığının (bunzen beklerinin de etkisi ile 30 °C üzerine çıkmasına bağlı olarak 28 °C 'da yapılması gereken inkübasyonlarda sağlıklı sonuç alınamaması, benzer şekilde inkübatörlerin güneş alan yerlere konulması.

Cam malzemenin yeteri kadar temizlenmeden ve/veya durulanmadan kullanılması, özellikle pipetlerin kirli olarak etüvde sterilize edilmesi sonucunda pipet iç yüzeyinde organik maddeler yanması ve bu durumun hem pipetteki hacimlerin rahatlıkla görülmesini engellemesi hem de bu tabaka nedeni ile daha az hacmin pipetlenmesi, yıkama sonrası iyi bir durulama yapılmaması özellikle tüplerde hazırlanan besiyerlerine ve seyreltme çözeltilerine deterjan bulaşması ve sonuçta deterjanın aranacak/sayılacak mikroorganizma üzerine olumsuz etki yapması.

Sadece ekimi yapılmamış petri kutuları ve tüpler ile rutin gıda kontrolünde (bozuk gıda ve/veya bozuk olduğundan endişe edilen gıda hariç) kullanılan dilüsyon erlenleri ve tüplerinin 30 dakika içinde olmak kaydı ile sterilize edilmeden yıkanabileceğinin, buna karşı mikroorganizma gelişmesi olmuş malzemenin sterilize edilmeden yıkanmaması veya atılmamasının bilinmemesi.

Yanlış inkübasyon sıcaklığı ve/veya süresi seçimi, anaerob koşullarda yapılması gereken inkübasyonda anaerob koşulun sağlandığının kontrol edilmemesi, mikroaerofıllerin anaerob ortamda inkübe edilmesi, inkübasyon sırasında anaerob kavanozun kapağının açılarak yeni petri ilave edilmesi ancak yeni bir kimyasal oksijen bağlayıcı poşet konulmaması ve eski poşetin yeterli olacağının sanılması.

İnkübatör(ler), pH metre, su banyosu vb. cihazların kalibrasyon hataları, saf su cihazının temizlenmemesi, çalışma atmosferinin ve tezgahların kirli olması.

Özellikle sıcak yaz günlerinde laboratuvar havasının sıcak olması nedeni ile ekim sırasında pencerelerin açık bırakılmasına ve/veya laboratuvarda vantilatör çalıştırılmasına bağlı olarak ekimler sırasında be siy erlerinin kontamine edilmesi.

Laboratuvarda sadece acil kullanım için her an el altında ancak, günlük kullanılan malzeme deposunda değil, ayrı bir yerde bulunması gereken 3-5 adet steril petri kutusu, 3-5 adet steril boş tüp, yeterli sayılarda ve boyutlarda steril erlen, steril 9 mi ve 90 seyreltme çözeltisi, yeterli miktar ve hacimlerde pipet olmaması ve "her şeyin planlandığı gibi gitmeyeceğinin bilinmemesi" nedeni ile çalışmanın en küçük bir aksamada tümüyle durması.

Seyreltmede kullanılacak tüplerin tam 9,0 mi olarak hazırlanması gerektiğinin bilinmemesi ve 10 mi olarak hazırlanması, ya da EMS yönteminden kalan bir alışkanlık ile tüplere 8 - 8,5 mi arasında serum fizyolojik konulması. Baird-Parker Ağar besiyerine MUG ilave edilerek aynı besiyerinde E. coli ve Staphylococcus aureus 'un beraberce sayılabileceğinin sanılması.

Örnek Hazırlanması ve Ekim Hataları

Analize alınacak örneğin uzun bir süre beklemesi, örneğin yetersiz homojenizasyonu, anaeroblar aranacak/sayılacak ise blenderde uzun süreli homojenizasyon sırasında örneğin aşırı oksijenle teması, yanlış çözelti ile seyreltme, seyreltme sırasında bazı tüplerin unutulması ve/veya aynı tüpe iki kez seyreltme yapılması, seyreltme sırasında tüplerin yeterli bir homojenizasyon sağlayacak şekilde karıştırılmaması, seyreltmede pipetleme hataları, dalgınlık ve/veya düzensizlik nedeni ile sterilize edilmemiş pipetlerin ve/veya seyreltme çözeltilerinin kullanılması, seyreltme yapıldıktan sonra ekim öncesi uzun süre beklenmesi, hatalı seyreltme düzeyi seçilmesine bağlı olarak sayım sonucu alınamaması, seyreltmede kullanılan tüplere seyreltme oranlarının yazılmamasına bağlı olarak ekim yapılan petri kutusu üzerine yazılan seyreltme oranı ile ekimin yapıldığı tüpün seyreltme oranının farklı olması, petri kutusuna seyreltme oranının yazılmasının unutulması ya da dalgınlıkla hatalı yazılması, bazı seyreltme tüplerinden petrilere ekim yapılmaması ve/veya bazılarından iki kez ekim yapılması.

Ekim sırasında pipetin üflenmesi, yayma ekim yönteminde kullanılan cam çubuğun (Drigalski spatülü) alkol ile sterilizasyonunda alkolün eskimesine bağlı olarak konsantrasyonunun azalması ve dolayısı ile kontamine olması, daha doğru olur diyerek %70 (v/v) yerine daha konsantre hatta saf alkol kullanılması, alkolde bekletme süresinin kısa olması, drigalski spatülünün alkolün alev ile uzaklaştırılmadan besiyerine teması, alkolün uzaklaştırılması için alevde uzun süre tutmaya bağlı olarak spatülün ısınması ve bu şekilde yayma yapılırken mikroorganizmalara zarar verilmesi, petri kutusuna ekimden sonra yayma işlemi için uzun süre geçmesi, damlatma yöntemi ile çalışılırken düz olmayan zeminde ekim yapıldığı için damlaların kayması ve/veya damla tam olarak emilmeden Petri kutusunun inkübatöre ters olarak konulması, dökme yöntemi ile çalışılırken agarlı besiyerinin çok sıcak dökülmesine bağlı olarak mikroorganizmaların zarar görmesi veya besiyeri katılaşırken dökmeye bağlı olarak petri kutusundaki örnekle yeterli karışmaması. Besiyerlerinde optimum kurutma yapılmadan aşırı nemli ya da aşın kuru halde iken ekim yapılması.

Membran filtrasyonda filtrenin ıslatılmadan destek tablası üzerine konulması, filtre üzerindeki plastik tabakanın çıkarılmadan kullanılması, filtrenin destek tablasına ters olarak konulması ve/veya petri kutusuna ters olarak yerleştirilmesi, filtrenin destek tablasına düzgün yerleştirilmemesi, filtrenin mekanik olarak zarar görmesi (en çok pens ile yırtılması), ön fıltrasyon yapıldığında ön filtrenin de ayrı bir besiyerine konularak burada da sayım yapılması ve sonucun iki filtredeki sayımların toplamı olduğunun bilinmemesi, sıvının fıltrasyonu tamamlandıktan sonra filtre üzerinde kalabilecek klor gibi koruyucu maddelerin uzaklaştırılması için 80-100 mi kadar steril su ya da steril özel yıkama çözeltisi geçirilmemesi veya bunların sterilize edilmeden kullanılması.

EMS yönteminde 10 mi ömek pipetlenecek besiyerlerinin başlangıçta çift kuvvette hazırlanmaması ve/veya bunların 18 X 180 mm büyük tüp yerine standart 16 X 160 mm tüplere hazırlanması, çift kuvvette hazırlanmış besiyerlerine standart l mi ekim yapılması, durham tüpü bulunan tüplerin mekanik karıştırıcıda karıştırılarak başlangıçta bu tüplere hava girerek "gaz pozitif olması ve/veya yetersiz otoklavlamaya bağlı olarak otoklav çıkışında bu tüplerin içinde hava kabarcığı kalması, EMS' de seyreltme kavramının ısrarla anlaşılmamasına bağlı olarak orijinal örnekten (10 seyrelti) l ; 0,1 ve 0,01 mi pipetlenmesi ya da katı örnekten l ; 0,1 ve 0.01 g tartılarak tüplere ilave edilmesi, ekimi yapılan tüplerin seyreltme tüpü olarak değerlendirilip sonraki 3 tüpe bir önceki tüpten T er mi ekim yapılması (bu yöntem durham tüpü kullanılmadığı için rahatlıkla mekanik olarak karıştırılabilen ve tam 9,0 mi olarak hazırlanmış besiyerleri için matematik olarak doğru olmakla beraber laboratuvar disiplinine uymayan ve gereksiz bir uygulamadır).

Besiyerlerinin Hazırlanmasındaki Hatalar

Yanlış tartım ve/veya sulandırma, bir kavanoz içinde duran besiyerinin hangi firmaya ait olduğu bilinmediği için başka firmaya ait katalogdaki bilgiler ile hazırlanması, dalgınlıkla "A" besiyeri yerine "B" besiyeri hazırlanması, besiyerinin eskimesi ve/veya nem alması, nötral olmayan ve/veya yeterince saf olmayan su kullanılması, besiyeri katalogu ve/veya besiyeri kutusundaki pH' mn otoklavlama sonrasındaki pH olduğu bilinmediği için otoklavlama öncesi besiyerinin anılan pH' ya ayarlanması, bileşenler tam olarak erimeden sterilizasyon, besiyeri hazırlandıktan uzun bir süre sonra sterilize edilmesi, otoklavlanmaması gereken besiyerlerinin otoklavlanması ve/veya aşırı ısı girişine yol açacak şekilde yüksek ısıl işlem normu ile otoklavlanması, otoklavlanmaması gereken beşiyerlerinin kaynar su banyosunda yetersiz ısıl işlem ile yetersiz sterilizasyonu, steril katkıların kontamine edilmesi, steril katkıların besiyeri 50 °C üzerinde iken ilave edilmesi, katkı ilavesinin unutulması ya da dalgınlıkla başka katkı ilave edilmesi ya da katkının gereğinden az veya çok ilave edilmesi, katkının buzdolabından çıkarıldığı sıcaklıkta bazal besiyerine ilavesi, agarlı beş iy erlerinin çok sıcak veya çok soğuk dökülmesi ya da karışıklık nedeni ile sterilize edilmemiş petri kutularına dökülmesi, besiyeri yüzeyinin gereğinden fazla nemli ya da kuru olması, otoklavın bozuk olması nedeni ile besiyerinin aşın ısıl işleme maruz kalması, otoklavın alt bölmeleri ile üst bölmelerinin farklı sıcaklıkta olması veya buna neden olacak şekilde aşırı doldurma, tüplerdeki sıvı besiyeri ile l litre hacimli agarlı besiyerinin beraber otoklavlanmasına bağlı olarak tüplerin aşırı ısı alması ve/veya erlendeki besiyerinin yetersiz sterilizasyonu, tüplerin tel sepet yerine beher veya konserve kutusu içinde otoklavlanması ve bu yüzden kalacak hava paketleri nedeni ile tüplerin yetersiz sterilizasyonu, otoklav havası tam boşaltılmadan buhar çıkış vanasının kapatılması, otoklavlama işleminin yemek saati veya başka analizlerin yoğunluğu nedeni ile geç açılması ve dolayısı ile besiyerinin aşırı ısı girişi, 121 °C da 15 dakikalık ısıl işlem uygulamasının etüvde (kuru hava sterilizatöründe) yapılması, hazırlanmış be siy erlerinin laboratuvarda güneş alan tezgah üzerinde uzun süre bırakılması, ısıl işleme duyarlı agarlı be siyerlerinin tekrar eritilmesi, agarlı be siy erlerinin depolama amacı ile dondurulması.

Testlerde Yapılan Hatalar

Kullanılan çözeltilerin eskimesine, yanlış hazırlanmasına ve/veya kullanılmasına ve/veya testin yanlış uygulanmasına bağlı olarak sonucun yanlış alınması, test sonucunun yanlış değerlendirilmesi. Karbohidrat testlerinde uzun inkübasyon süresine ve/veya test edilen bakterinin aktivitesine bağlı olarak tüpteki karbohidratın bitmesi ve bakterinin peptonu kullanarak pH' yi yükseltmesine bağlı olarak sahte negatif sonuç alınması. Biyokimyasal test uygulanmış (örneğin indol testi yapılmış) tüpten izolasyon amacı ile katı besiyerine ekim yapılması.

Değerlendirme Hataları

Petri kutusunda yayılmış kolonilerin l adet olarak sayılması gerektiğinin bilinmemesi, özellikle seyreltme faktörünün petri kutularına yazılma hatalarına bağlı olarak yanlış hesaplama, MUG ilave edilmiş agarlı be siy erlerinde uzun süreli inkübasyon sonrası floresan ışımanın yayılmasına bağlı olarak sahte pozitif değerlendirmeler.

EMS yöntemi ile yapılan değerlendirmelerde 3 tüp yöntemi kullanıldığı halde sonuçların 5 tüplü ekim tablosundan elde edilmesi, EMS tablosunun özellikle seyreltme kavramına bağlı olarak yanlış değerlendirilmesi, MUG ilave edilmiş sıvı be siy erlerinde tüplerin kendiliğinden floresan ışıma verip vermediğinin önceden kontrol edilmemesi ve dolayısıyla sahte pozitif sonuç alınması, aşırı asit oluşturan bakterilerin MUG reaksiyonunu perdelemesine bağlı olan sahte negatif sonuç alınması, sadece gaz pozitif tüplerde MUG reaksiyonuna bakılması gerektiğinin bilinmemesi ve gaz olmayan tüplerde de floresan kontrolü, mikotoksin çalışmaları için kullanılan UV lambalarının MUG reaksiyonunun belirlenmesinde kullanılması, floresan negatif tüplere indol testi yapılması ve bu tüplerden indol pozitif olanların E. coli olarak sayılması.

Bazı bakterilerin gram reaksiyonlarının kültürün yaşına göre değiştiğinin bilinmemesi, bazılarının ise gram boyama işlemine çok duyarlı oldukları için gram boyamada uygulanacak sürelerdeki en küçük farklılığın sonucu etkileyeceği ve bu durumun genellikle aslen gram pozitif olan bakterinin gram negatif olarak görüleceğinin bilinmemesi, boya kristallerinin bakteri ile karıştırılması, lamın boyama yapılmayan yüzünde görüntü aranması, çabuk sonuç almak için fıksasyon öncesi kültürün yeterli kurutulmaması ve/veya çabuk kurutma için aşırı ısı uygulanması ve/veya son yıkamadan sonra mekanik kurutma sırasında boyanmış hücrelerin de lamdan uzaklaşması, mayalara gram boyama uygulanması ve sonucun tartışılması, kokob as illerin (eni boyuna yakın çubuk bakterilerin) kok olarak değerlendirilmesi, mikroskobik inceleme sırasında streptokokların ve stafılokoklann monokok ve diplokok şeklinde olan parçaları görüldüğünde incelenen kültürün bulaşık olduğunun sanılması, mikroskobik inceleme ile E. coli 'nin tanınacağının sanılması, Howard yöntemi ile yapılan sayımlarda domates parçalarının küf hifı yerine sayılması. Thoma lamında büyük kare sınırlarının anlaşılamaması ve buna bağlı olarak bazı karelerin sayılmaması ya da yarım kare olarak sayılması.

http://www.sinanson.com/index.html

http://labmarket.sinanson.com/

Mikroorganizmaların Giriş Yolları

1) Mikropların vücuda girmesi:  Mikroorganizmaların hastalık yapabilmesindeki ilk basamak, vücuda girmekle başlar.  Bunun için bazı giriş kapılarına (porantre) ihtiyaç vardır. Vücutta bulunan en önemli giriş kapıları ağız,  yutak ve sindirim sistemi,  burun,  larinks ve trachea ve akciğerler, genital organlar, göz konjunktivası ve deridir.

Salmonella, shigella, vibriolar, brusella ve tüberküloz etkenleri sindirim sisteminden girerek;Corynebacterium diphtheriae insanlarda boğazda yerleşerek toksin meydana getirir ve bu zehir vücuda yayılarak hastalık yapar. Hayvanlarda septisemik hemorajik karakterde seyreden pastörellozisin etkeni ekseriya yutak ve larinkste yerleşmiştir. Bünyede bir zayıflamanın olduğu hallerde hastalık meydana getirirler. Tüberküloz ve anthraks etkenleri solunum yolu ile bulaştıkları gibi deriden de geçebilir. Deriden, ayrıca,  leptospira,  brusella, anaeroblar, anthraks mikroorganizmaları da girebilirler. Çiftleşme ile,  genital yolla,  sifilis,  N.  gonorrhoea,  brusella ve C.  fetus bulaşabilir.  Göz yolu ile leptospiralar,  listerialar ve diğer mikroorganizmalar girerek hastalık yapabilirler.

Yukarıda yapılan ayrım kesin bir durum göstermez. Yani bir mikrop birçok yollardan vücuda girerek hastalık yapabilir.  Örn, brusella sindirim,  deri ve çiftleşme ile; tüberküloz, deri,  sindirim ve solunum; antraks basilleri deri, sindirim ve solunum yolu ile bulaşabilir.  Çeşitli yollardan infeksiyon meydana getirebilen mikroorganizmaların yaptığı hastalığın klinik tablosu girdiği yere göre değişebilir. Örn,  B. anthracis sporları solunum yolu ile alınmışsa, akciğer antraksı,  deriden alınmışsa girdiği yerde püstül ve ödem (kasap çıbanı),  tüberküloz mikrobu deriden girerse deri tüberkülozu, barsaktan girerse barsak ve solunum yolu ile alınırsa akciğer tüberkülozunu meydana getirir.

C. tetani,  deride bulunan derin ve kirli yaralarda yerleşerek ürer ve toksin meydana getirir.  Bu toksin kana karışarak hastalık yapar.  Botulismde ise,  toksin ihtiva eden gıdaların alınması sonu barsak yolu ile zehirlenme olur.

Mantarların çoğu da, deri, solunum ve sindirim sisteminden girerek mikozeslere neden olurlar.

Mikroorganizmaların hastalık yapabilmeleri için, bunların uygun yolla girmeleri de gereklidir.  Örn, S.  typhi sindirim yolu ile alınırsa vücudu istila edebilir ve hastalık meydana getirebilir.  Deriden girerse çok nadiren vücuda yayılabilir.  Buna karşın grup A hemolitik streptokoklar deriden girerek yayılma kabiliyetine sahiptirler: F. tularensis, derideki yaralardan girerse lenf yumrularında lokalize olur. Kana geçip istila edemez. Bu durumda ölüm oranı %5 kadardır.  Halbuki, aynı etken sokucu sinek veya keneler aracılığı ile dokulara kadar iletilirse septisemi meydana getirir ve %95 ölüme sebep olabilir.  Aynı şekilde, tetanoz toksinleri sindirim sisteminden girerse hastalandıramaz. Neisseria gonorrhoeaağızdan bulaşamaz. Beyin, damar ve periton içine verilen mikroorganizmalar,  diğer yollardan, daha çabuk hastalık meydana getirirler.

Vücudu mikroplardan koruyan sistemlerden   biri de deri ve mukozaların mikroplar üzerine olan inhibitör ve öldürücü etkileri çok önemlidir. Deri dokusu salgılarıyla birçok mikroorganizmaların ölmesine sebep olmasına rağmen,  derideki kıl ve yağ folliküllerinden ve çok küçük yaralardan mikroplar girerek infeksiyonlar yapabilirler (S. aureus, streptokoklar ve korinebakteriler,  leptospiralar, vs.). Solunum ve genital organlarda bulunan mukus salgılayan hücreler de mikropların mukoza hücrelerine yerleşmesine mani olur. Bazı mikroplar  lizozim enziminin etkisiyle  öldürebilirler. Fakat, buna rağmen yine buralardan mikroplar girebilirler. Göz yaşının da aynı şekilde,  mikroplar üzerine olumsuz etkisi vardır. Fakat,  göz konjonktivası yolu ile de mikroplar hastalık yapabilirler.  Mide asiditesi bazı salmonellaları inhibe eder. Fakat,  bu asiditenin bozulduğu zamanlarda mikroplar mideyi kolayca geçebilirler.

Bazı mikroplar normal deri ve mukozadan geçemezler. Ancak, deride ve mukozada meydana gelecek çok ufak mikroskobik yaralar mikropların giriş kapısı vazifesini görürler.  Deri üzerinde sokucu insektlerin açtığı yaralardan mikroplar kolayca girebilirler. Su ile fazla yumuşamış deriden leptospiralar ve brucellalar kolaylıkla geçebilirler.

2- Mikrobun dozu (miktarı): Vücuda porantrelerden giren mikroorganizmalar,  bir infeksiyonu başlatabilecek miktarda, olmalıdırlar (MİD minimum infektif doz). Bu limitin altında girenler, vücudun  hücresel ve humoral savunma sistemleri ile kolayca yok edilirler.  Mikrop sayısı ne kadar fazla olursa,  konakçının hastalanma şansı o derece artar.  Hastalık yapma veya başlatma limiti mikropların virulensine ve konakçının duyarlılığına göre de değişir. Virulensi fazla olan mikroorganizmalar çok hassas konakçıya az sayıda girseler bile, bir infeksiyonu başlatabilirler.  Pasteurella multocidae için güvercinler,  antraks basilleri için fareler örnek verilebilir.

 Mikroplar girdiği yerde yerleşmesine,  üremesine ve buradan çeşitli yollarla (kan, lenf ve sinir sistemi)  dokulara yayılmasına invazyon kabiliyeti adı verilir.  Enterobakterilerin invazyon kabiliyeti,  fazladır.  Buna  karşılık,  deride yerleşen streptokok veya stafilokoklar,  genellikle,  burada lokalize olurlar.  Bazen bitişik  dokulara yayılırlar.

http://labmarket.sinanson.com/

Mikroorganizmalar Hakkında Genel Bilgiler

Mikroorganizmalar, çıplak gözle görülemeyecek kadar küçük ve tek hücreli canlılardır. Bakteriler, mayalar, küfler, algler ve protozoa temel mikroorganizmalardır. Şapkalı mantarlar, yosunlar, likenler de aslında mikroorganizmalardır, ancak bunlarda farklılaşmış hücreler ve/veya birleşmiş hücreler olduğu için normal bitkilere benzer görünümdedirler. Bakteri ve mayalarda bu şekilde birleşmiş veya farklılaşmış hücreler yoktur.

Tek bir hücreden milyonlarcası çoğalarak koloni denilen ve çıplak gözle görülebilen yapılar oluşur. Ekmeğin, yoğurdun üzerindeki küfler, reçelin üzerindeki mayalar, sirkenin üzerinde toplanan sirke anası, vücutta çıkan iltihaplı sivilceler ve çıbanlar aslında koloni denilen yapılardır.

Dünyada 500.000 - 6.000.000 arasında farklı türde mikroorganizma olduğu sanılmaktadır. Bugüne kadar bunların %5 'inden daha azı olduğu kabul edilen 3500 bakteri, 90.000 fungi (maya, küf, şapkalı mantar), 100.000 protist (alg ve protozoa) tanımlanabilmiştir. 

http://labmarket.sinanson.com/

DNA İZOLASYONU

DNA izolasyonu temelde 2 aşamadan meydana gelir.
1. Hücre duvarının parçalanması
2. DNA-protein kompleksinin çözülmesi ve diğer moleküllerden ayrılması

Hücre Duvarının Parçalanması: Hücrenin çekirdeğindeki DNA’ya ulaşmak için hücre duvarının parçalanması gerekmektedir. Parçalama fiziksel ve kimyasal yollarla yapılabilir. Fiziksel olarak ısıtılan hücreler aynı zamanda kimyasal karışımlara tabi tutularak duvarın parçalanması sağlanır. Bu kimyasal karışım içinde bulunan tuz, hücre duvarından geçerek proteinleri DNA’ dan ayırır. Deterjan ise hücre duvarının geçirgenliğini arttırarak hücre içeriğinin serbest kalmasını sağlar. EDTA magnezyumu bağlayarak DNaz aktivitesini inhibe eder böylece DNA stabil halde kalabilir. Protein parçalayıcı enzimler ise hücre içeriğindeki proteinleri parçalayarak, sonraki aşamalar açısından homojen bir karışım oluşmasını sağlamaktadırlar. Hücre içinde bulunan RNA’lar tek iplikçik halde stabil olabildiklerinden onların da ortamdan uzaklaştırılması gerekir ve bunun için de RNaz enzimi kullanılır.

Parçalama aşamasında kullanılan kimyasallar ve süre DNA’sını elde etmek istediğiniz materyale göre değişiklik gösterebilir. Örneğin, bazı bakterilerin DNA’sını elde ederken, farklı yapıdaki duvarı için lizozim adlı farklı bir enzim kullanılır ve süre daha uzun tutulabilir. Yine aynı şekilde kandan DNA izolasyonu için harcanan parçalama süresi, dokudan DNA izolasyonu için harcanan süreden daha azdır.

DNA-Protein Kompleksinin Çözülmesi ve Diğer Moleküllerden Ayrılması: Bu yöntem genellikle denatürasyona dayanır. Ancak günümüzde teknolojinin de gelişimi ile DNA’yı tutma özellikli spin kolonları da kullanılmaya başlamıştır. Denatürasyona dayalı kimyasal çözülmede çoğunlukla fenol ekstraksiyonu işlemi kullanılır. Fenol ile proteinler ve DNA fragmanları birbirinden ayrılır ve uzaklaşmaları sağlanır.
Spin kolonlarının kullandığı fiziksel çözülmede ise, özel solüsyonlar ile DNA’nın tüpler içine özel olarak yerleştirilen matriks tabakasına tutunması sağlanır. Aynı aşamada DNA haricindeki moleküller matrikse tutunamadığı için ortamdan uzaklaşır. Spin kolonlar belirli solüsyonlar ile yine DNA harici maddelerin tamamen uzaklaşması için “yıkama” denilen işleme tabi tutulurlar. Son aşamada ise DNA ile matriksi birbirinden elimine eden solüsyonların kullanıldığı “Elüsyon” aşaması vardır ve bu aşama ile birlikte DNA son halini almaktadır.

Elde edilen DNA’nın saflık ve miktar belirlenmesi nasıl yapılmaktadır?
PCR aşamasında elde edilen DNA’dan reaksiyon başına yaklaşık olarak 40–100 ng kullanılır. DNA konsantrasyonu ve elde edilen DNA’nın temizliği spektrofotometre kullanılarak değerlendirilir. Bu amaçla 260/280 absorbans değerlerinin ölçülebildiği bir UV spektrofotometreye ihtiyaç duyulmaktadır.

DNA' nın miktar ve saflığı, spektrofotometrede 260 ve 280 nm dalga boylarında elde edilen değerlerden belirlenmektedir. Optik dansite (OD) çift iplikli DNA için 50 μg/ml, tek iplikli DNA veya RNA için 40 μg/ml ve oligonükleotidler için 20 μg/ml' ye karşılık gelmektedir. Örnek olarak çift iplikçikli DNA için miktar tayininde aşağıdaki formülden yararlanılmaktadır;

DNA (μg/ml)=260 nm'deki OD (Absorbans değeri) x sulandırma oranı x 50

DNA’nın temizliği için A (260 /280) ve A (260 /230) değerlerine bakılmaktadır. Çünkü DNA 260, protein 280 ve karbonhidratlar da 230 nm dalga boylarında pik (en yüksek değer) yapmaktadır. Temiz bir DNA’ da A (260 /280) oranı 1.80 ile 2.00 arasında; A (260 /23 0) oranı ise 2.00 den büyük; A (320) ise 0’ a yakın olmalıdır. 1.8’in altında elde edilen A (260 /280) değeri protein kontaminasyonunu, 2’nin üzerinde elde edilen A (260/280) değeri de RNA kontaminasyonunu işaret etmektedir. PCR yönteminde ne kadar saf ve yüksek molekül ağırlıklı DNA izole edilebilirse bantların belirginliği ve üretilebilirliği o derece artmaktadır.

PCR Optimizasyonu

PCR teknolojisinin gelişmesiyle çok farklı PCR uygulamaları da ortaya çıkmıştır. Bu nedenle, yeni PCR uygulamasının düzenli ve optimum bir şekilde çalışması için her laboratuarda yeniden ayarlanması gerekmektedir. Eğer PCR şartları yeni PCR uygulaması için uygun bir şekilde yeniden ayarlanmazsa bazı problemlerle karşılaşılabilmektedir. Bu problemler;
1. PCR’dan beklenen ürün ya az alınır yada hiç alınmaz
2. Primerlerin yanlış bağlanmasından dolayı spesifik olmayan bantlar oluşabilir.
3. Primerler yanlış şekilde uzayabilir
4. Primer-dimer oluşumu ortaya çıkabilir ve bu oluşumlar çoğaltma işlemini yavaşlatır.
5. Yeni sentezlenen DNA dizilerinde mutasyon veya istenilenden farklı diziler ortaya çıkabilir.



http://labmarket.sinanson.com/

PCR’ın Temel Prensipleri

Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), in vitro koşullarında DNA dizilerinin çoğaltılması esasına dayanmaktadır. PCR; basit, spesifik ve hassas bir tekniktir . PCR tekniği, temelde üç aşamadan oluşmaktadır.

1. DNA Zincirinin Açılması (Denaturation): Kalıp DNA (template DNA), 92-95 o C’de 1-2 dakika tutularak çift sarmal yapıdaki DNA iplikçikleri birbirlerinden ayrılmaktadır. DNA zincirini ayırmak için, bazı durumlarda 5-10 dakika ön ısıtma yapmak gerekebilir

2. Primerlerin Açılan DNA Zincirlerine Yapışması (Annealing): Reaksiyon sıcaklığının, 37-65 o C’ye düşürülerek oligonükleotid primerlerinin açılan DNA zincirlerinin kendi baz dizilerine karşılık gelen bölgeye yapışması işlemidir. Bu işlem, üretilecek baz uzunluğuna bağlı olarak 30-60 saniyede gerçekleşmektedir.
3. Primer Uzaması (Primer Extesion): DNA zincirleri üzerine yapışan primerlerin DNA polimeraz enzimi (Taq DNA polymerase) vasıtasıyla uzatılmasıdır. Taq DNA polymerase 72 o C sıcaklıkta daha iyi çalıştığı için genel olarak tüm çoğaltma işlemleri bu sıcaklıkta yapılmaktadır (Erlich ve ark. 1991). PCR sonucunda elde edilen ürün, çoğaltılması hedeflenen DNA parçası ile iki primerin toplam uzunluğu kadardır. Üç basamaktan (denaturation, annealing, primer extension) oluşan işlem, bir PCR devrini temsil eder. Bu işlem, genel olarak 25 ile 40 defa tekrar edilerek başlangıçtaki DNA dizisinden milyonlarca yeni DNA parçacığı çoğaltılır. PCR sonucunda elde edilen DNA parçacıkları agaroz veya poliakrilamit jellerde yürütüldükten sonra, ethidium bromide (EtBr) veya gümüş nitrat (GN) ile boyanarak gözlemlenir.



http://labmarket.sinanson.com/

PCR (Polimerase Chain Reactin) Nedir?

Polimeraz zincir reaksiyonu bitki biyoteknoloji çalışmalarında yaygın olarak kullanılan bir metottur. Teknik, in vitro koşullarında oligonükleotid primerler kullanılarak DNA polimeraz enzimi tarafından DNA’nın çoğaltılmasıdır. Kısa süre içerisinde çok küçük bir miktar DNA baz dizisinden milyonlarca defa DNA parçacığı çoğaltmak mümkündür. Tekniğin en önemli özelliği; hızlı, güvenli ve spesifik olmasıdır. Bu özelliğinden dolayı, bitki biyoteknolojisinde çok farklı alanlarda kullanılmaktadır. Bunlardan bazıları; gen klonlaması, patojenlerin teşhis ve tespiti, gen aktarılmış bitkilerin ve DNA baz dizilerinin belirlenmesidir.

Polymerase chain reaction (PCR) is one of the most widespread used method in plant biotechnology. Technique is an in vitro enzymatic reaction in which small DNA fragments can be amplified by DNA polymerase enzyme using oligonucleotide primers. In a very short time, millions of DNA fragments can be amplified from a very small amount of DNA sequences. The most important advantages of PCR is to be fast, reliable, and specific. Therefore; PCR is used in very different areas of plant biotechnology. Some of them are gene clonning, detection and identification of plant pathogens, screening of transgenic plants and sequencing of DNA fragments.


http://labmarket.sinanson.com/

-Biyografi-

-Biyografi-

Adem-Hatice BİLİCİ çiftinden 29 Eylül 1992'de dünyaya geldi. Henüz 6 yaşındayken kız kardeşi Ayşenur BİLİCİ Hakk'a yürüdü. Olayın şokunu uzun süre üstünden atamadı. İlkokul eğitimini İstanbul Cumhuriyet İlköğretim Okulunda gördükten sonra lise eğitimine İnönü Teknik Lisesinde Elektrik Elektronik bölümünde devam etti. Lise hayatından beri hayalini kurduğu bilimle üniversite yıllarında buluştu. Amasya Üniversitesi Biyoloji Bölümünü bitirdi. Hala Akademik eğitimine devam eden BİLİCİ'nin Ensar taha adında bir kardeşi var. BİLİCİ evlilik hazırlıklarında..